Едуард Клапаред народився 24 березня 1873 р. у м. Женева, в протестантській родині, яка походила з Ланґедоку (історичний регіон на півдні Франції), а після скасування Нантського Едикту оселилася у Швейцарії. Як згадував учений, усі його предки були французькими чи італійськими переселенцями або вихідцями з французької частини Швейцарії. Більшість з них – священнослужителі або міські чиновники. Лише троє обрали за фах точні науки (дядько, кузен і брат). Батько Е. Клапареда мав священницький сан, але після народження сина покинув парафію й зосередився на вивченні історії протестантизму.